สถาบันศึกษาปอเนาะพัฒนาเยาวชน เดิมชื่อปอเนาะปาแด ตั้งอยู่บ้านเลขที่ 105 หมู่ 7 ตำบลท่ากำชำ อำเภอหนองจิกจังหวัดปัตตานี เปิดทำการเรียนการสอนครั้งแรกเมื่อวันที่ 25 มีนาคม พ.ศ.2532ดำเนินการเรียนการสอนอยู่เป็นเวลา 7 ปีแล้วได้ปิดการเรียนการสอนลงในปี พ.ศ.2539เนื่องจากผู้บริหาร (โต๊ะครู) ต้องเดินทางไปประกอบพิธีฮัจย์และไปประกอบอาชีพโต๊ะแซะเป็นเวลา 5 ปี เปิดทำการเรียนการสอนอีกครั้งในปี พ.ศ.2543และจดทะเบียนเป็นสถาบันศึกษาปอเนาะเมื่อวันที่ 6 พฤษภาคม พ.ศ.2547 ชื่อว่า “สถาบันศึกษาปอเนาะพัฒนาเยาวชน”จนถึงปัจจุบันทางสถาบันดั้งเดิมได้เปิดการเรียนการสอนทางศาสนาเพียงอย่างเดียวต่อมาสถาบันได้เล็งเห็นถึงความสำคัญของการเรียนสายสามัญโดยร่วมมือกับศูนย์การศึกษานอกระบบและการศึกษาตามอัธยาศัยอำเภอหนองจิกจังหวัดปัตตานี ซึ่งใช้เปิดสอนควบคู่กับศาสนา และวิชาชีพมีเนื้อที่ดำเนินการ 5ไร่ ประกอบด้วยอาคารมัสยิด1 หลัง อาคารเรียน (บาลัย) กรุอ่าน 1 หลัง บ้านพักนักเรียน 50 หลัง อาคารอเนกประสงค์ 1หลัง ห้องน้ำ 2 หลัง สนามฟุตบอล 1สนาม
สถาบันการศึกษาปอเนาะพัฒนาเยาวชน มีวัตถุประสงค์เพื่อน้อมนำหลักการบำบัดด้วยระบบการฟื้นฟูผู้ติดยาเสพติดให้โทษ ให้หันกลับมาสู่การเลิกยาต่อไป จากฐานข้อมูลการเปิดให้บริการองค์ความรู้ตั้งแต่ปี 2532 ทำให้สถาบันการศึกษาปอเนาะแห่งนี้ถูกร่ำลือชื่อ ในด้านของปอเนาะฟื้นฟูและบำบัดยาเสพติด มาอย่างยาวนาน
จากข้อมูลผู้เรียนในปีการศึกษา 2559 ที่ผ่านมา พบว่า มีผู้ปกครองที่นำบุตรหลาน มาส่งตัวเพื่อให้สถาบันฯ ช่วยฟื้นฟูสภาพจิตใจให้กลับมาเข้มแข็ง จำนวน 200 ราย ซึ่งประกอบด้วยเยาวชนกลุ่มเสี่ยงที่ยังไม่ติดยาเสพติด จำนวน 40 คน และกลุ่มผู้เสพสารเสพติดขั้นต้นถึงขั้นรุนแรง จำนวน 160 ราย และจากการที่สถาบันได้ใช้ความรู้ทางด้านศาสนาในการฟื้นฟูและบำบัดพบว่า มีนักเรียนกลุ่มผู้เสพสารเสพติดขั้นรุนแรง จำนวน 130 คน คิดเป็นร้อยละ 80 % ที่หายขาดจากการเสพสารเสพติด ส่วนอีก 20 % ต้องใช้ระยะเวลาในการฟื้นฟูต่อไป
การเกิดขึ้นของสถาบันการศึกษาปอเนาะแห่งนี้ เนื่องด้วยสถานการณ์ปัญหายาเสพติดให้โทษ ได้รุกเข้ามาในพื้นที่จังหวัดชายแดนภาคใต้ ประกอบด้วยสารเสพติดชนิดต่างๆ ประกอบด้วย ยาบ้า ยาไอซ์ ยาม้า กัญชา เฮโรอีน และที่ระบาดในหมู่เยาวชนมากที่สุดคือ พืชกระท่อมสี่คูณร้อย ซึ่งส่งผลกระทบต่อปัญหาต่างๆ เช่น การลักเล็กขโมยน้อย อาชญากรรม ปัญหาในครอบครัว การไม่เชื่อฟังผู้ใหญ่ จนนำไปสู่การเป็นขยะของสังคม และส่งผลกระทบมากที่สุดคือ ด้อยการศึกษา เพราะผลพวงจากการติดเพื่อนไปยุ่งเกี่ยวกับยาเสพติดให้โทษ การคบหาเพื่อนฝูง ถือว่าเป็นสิ่งที่สำคัญอย่างยิ่ง จากสภาพปัญหาต่างๆที่ส่งผลกระทบต่อทุกฝ่าย ทางสถาบันการศึกษาปอเนาะพัฒนาเยาวชน จึงมีความจำเป็นต้องเปิดรับเยาวชนที่เคยประสบปัญหาเกี่ยวกับยาเสพติด เพื่อนำเยาวชนเหล่านั้นมาฟื้นฟูและบำบัดรักษาตามแนวทางที่ศาสนาอิสลามกำหนด เช่น การให้ความรู้เรื่องศาสนาด้วยการศึกษาหลักธรรมต่างๆ การให้ความสำคัญกับการละหมาด การศึกษาภาคบังคับ (กศน)การส่งเสริมกลุ่มอาชีพ การจัดการระบบเศรษฐกิจพอเพียง ฯลฯ